De Stichting Primenius is ontstaan op 1 januari 2016 na de fusie van de Stichting Fidarda en SKOD.
Fidarda is in de jaren negentig ontstaan door de bundeling van Katholieke basisscholen in de provincies Groningen en Drenthe en vindt haar grondslag in de door van overheidswege ingezette bestuurlijke schaalvergroting en de behoefte van de scholen aan een nauwere vorm van samenwerking. Tot 1 januari 2016 behoorden 20 basisscholen (18 katholieke en 2 algemeen bijzondere) in Groningen en Drenthe tot de Stichting. SKOD (Stichting Katholiek Onderwijs Drenthe) is in januari 1997 voortgekomen uit een fusie van verschillende autonome stichtingen, deels als bevoegd gezag over één school, deels als bevoegd gezag over meerdere scholen. Sinds 1 augustus 2006 maakt ook een katholiek-protestantse school voor speciaal basis onderwijs deel uit van SKOD.